二代測序應(yīng)用于蛋白組測序的常見方式①？

基于轉(zhuǎn)錄組測序間接推斷蛋白信息

原理：由于蛋白質(zhì)是由mRNA翻譯而來，先利用二代測序技術(shù)對轉(zhuǎn)錄組（主要是mRNA）進行高通量測序，獲得基因轉(zhuǎn)錄水平的信息。基于中心法則中mRNA和蛋白質(zhì)的對應(yīng)關(guān)系，在一定程度上可以推測出相應(yīng)蛋白質(zhì)可能的表達情況。例如，通過分析mRNA的表達量高低，預(yù)估對應(yīng)蛋白質(zhì)的豐度趨勢。如果某個基因的mRNA在樣本中表達量很高，那么大概率其翻譯產(chǎn)生的蛋白質(zhì)在細胞內(nèi)的含量也相對較高，但這只是初步推斷，因為還存在翻譯后調(diào)控等影響因素。

應(yīng)用案例：在研究某種植物在不同生長階段的蛋白表達變化時，先進行轉(zhuǎn)錄組測序，發(fā)現(xiàn)與光合作用相關(guān)的一些關(guān)鍵基因的mRNA在植物生長旺盛期表達量***上調(diào)，后續(xù)再通過其他蛋白檢測手段驗證到對應(yīng)的光合作用相關(guān)蛋白質(zhì)含量確實增多，這就體現(xiàn)了通過轉(zhuǎn)錄組測序間接了解蛋白表達趨勢的可行性。 16s測序是二代測序嗎？上海哪里有二代測序價格

WES測序

WES測序即全外顯子組測序，是基于二代測序技術(shù)的新型基因檢測方法，以下是具體介紹：

原理

人類基因組中*1%-5%的外顯子區(qū)域編碼蛋白質(zhì)，卻包含約85%的致病變異。WES測序通過序列捕獲技術(shù)富集外顯子區(qū)域DNA，再利用高通量測序技術(shù)對其進行測序，***經(jīng)生物信息學(xué)分析和比對，檢測基因突變.

流程

包括DNA片段化和文庫制備、測序和數(shù)據(jù)分析兩步。先將DNA切割成100-300bp的小片段，以便放入文庫；然后將片段與引物匹配，引物設(shè)計靠近外子邊緣以提高捕獲精密度和覆蓋率，經(jīng)PCR擴增和鏈分析得到測序數(shù)據(jù)，再對比分析重建原始DNA序列.

優(yōu)勢

檢測效率高：外子區(qū)域占比較小，測序速度快，能更快為患者提供診斷信息.

性價比高：相比全基因組測序，成本較低，且可檢測大量基因突變.

覆蓋度好：可***覆蓋外顯子及醫(yī)學(xué)相關(guān)區(qū)域，包括疾病關(guān)聯(lián)位點和非翻譯區(qū).

變異發(fā)現(xiàn)能力強：能發(fā)現(xiàn)低頻和罕見突變，為研究復(fù)雜疾病和罕見遺傳病提供有力支持. 上海嘉安健達二代測序檢測二代測序的成本比一代測序高嗎？

二代測序用于蛋白組測序的發(fā)展前景？

多組學(xué)整合更緊密：未來二代測序與蛋白組測序會和其他組學(xué)技術(shù)（如代謝組學(xué)、表觀基因組學(xué)等）進一步深度整合，從多個層面***地解析生命活動分子機制，例如在疾病研究中，綜合分析基因轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)表達及代謝產(chǎn)物變化等，為疾病的早期診斷、精細***提供更完善的依據(jù)。

技術(shù)優(yōu)化提升準確性：一方面，二代測序技術(shù)自身會不斷改進，提高測序的準確性、降低錯誤率，并且在通量上可能進一步提升；另一方面，和蛋白組測序銜接的相關(guān)流程和分析方法也會不斷優(yōu)化，從而更精細地從轉(zhuǎn)錄組信息轉(zhuǎn)化為可靠的蛋白組信息，推動蛋白組測序領(lǐng)域的發(fā)展。

常見的二代測序平臺有哪些？

一、Illumina系列

NovaSeq系列：通量高，可產(chǎn)出大量測序數(shù)據(jù)，適用于大規(guī)?；蚪M測序、轉(zhuǎn)錄組測序等項目，能滿足科研和臨床對高通量數(shù)據(jù)的需求，如NovaSeq6000，其S2試劑可實現(xiàn)PE50/PE100/PE150測序，產(chǎn)出1.2T/flowcell.

HiSeq系列：包括HiSeqXten、HiSeq等型號，不同型號在通量、讀長和應(yīng)用場景上有所差異，如HiSeqXten的PE150測序可達到120G/lane，常用于人類基因組重測序等項目.

MiSeqDesktopSystem：是桌面型測序系統(tǒng)，通量相對較低，但操作簡便、快速，適合小型實驗室或特定的小規(guī)模測序項目，如針對特定基因的測序研究. 二代測序包括全基因組測序和全外顯子測序。

二代測序的數(shù)據(jù)量

全基因組測序

一般人類全基因組測序，若測序深度為30x-50x，人類基因組大小約3Gb，則數(shù)據(jù)量在90Gb-150Gb之間。如進行高深度測序以發(fā)現(xiàn)更多低頻突變等罕見疾病信息，測序深度達100x以上，數(shù)據(jù)量會超300Gb.

外顯子測序

外顯子總長度約30Mb，占全基因組1%左右，測序深度50x-100x時，數(shù)據(jù)量需1.5Gb-3Gb.

轉(zhuǎn)錄組測序

常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測序，基礎(chǔ)基因表達分析建議20M-30Mreads，數(shù)據(jù)量約5Gb-20Gb；檢測低表達基因或復(fù)雜轉(zhuǎn)錄本拼裝推薦50M-100Mreads，數(shù)據(jù)量相應(yīng)增加；100Mreads以上屬于高深度測序，適合解析復(fù)雜可變剪切事件和罕見轉(zhuǎn)錄本.長讀長轉(zhuǎn)錄組測序，解析復(fù)雜轉(zhuǎn)錄本推薦數(shù)據(jù)量為5Gb-20Gb，研究全轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性建議單樣本數(shù)據(jù)量>20Gb.

ChIP-seq

轉(zhuǎn)錄因子檢測標準為20M-40Mreads，組蛋白修飾寬譜圖則需要更高測序量. 二代和三代測序的區(qū)別？上海二代測序流程

二代測序的優(yōu)勢是低成本。上海哪里有二代測序價格

WES測序應(yīng)用領(lǐng)域

遺傳性疾病的診斷和研究：適用于具有遺傳病家族史、發(fā)育遲緩、智力障礙、自閉癥、先天性畸形等癥狀的患者，以及經(jīng)過相應(yīng)疾病panel檢測結(jié)果為陰性、需要更大范圍尋找可能遺傳病因的患者等?？梢园l(fā)現(xiàn)與遺傳病相關(guān)的基因突變和變異，為遺傳病的診斷、分型和研究提供依據(jù)。

**研究與個性化**：可用于檢測腫瘤細胞中的體細胞突變，幫助了解**的發(fā)***展機制，尋找潛在的***靶點，為**的精細***和個性化**提供指導(dǎo)。例如，通過對**患者的**組織和外周血進行WES測序，對比分析腫瘤細胞中的基因突變情況，制定個性化的***方案。

藥物基因組學(xué)研究：確定患者的基因突變和變異，預(yù)測患者對藥物的反應(yīng)和療效，為藥物基因組學(xué)研究提供數(shù)據(jù)支持，從而實現(xiàn)個體化藥物***。

生殖健康與遺傳咨詢：對有生育需求的夫婦或家族中有遺傳病患者的人群進行WES測序，可幫助了解自身的基因突變情況，評估生育風(fēng)險，為遺傳咨詢和生育決策提供依據(jù) 上海哪里有二代測序價格